Комитет создан группой москвичей в 1990 году для помощи первым беженцам эпохи «перестройки» – жертвам армянских погромов в Азербайджане.
В 1996 году открыт волонтерский проект «Центр адаптации и обучения детей беженцев».
Благодаря поддержке Управления Верховного Комиссара ООН по делам беженцев (УВКБ ООН) в 1998 году открывается общественная приемная. Организация получает ресурсы для правовой, социальной и гуманитарной помощи беженцам и вынужденным переселенцам.
С 2005 по 2008 год Комитет реализует специальный проект по защите прав беженцев из стран Центральной Азии.
В августе 2011 года стартовал проект помощи заключенным из Чечни и Ингушетии.
В 2012 году сотрудники организации участвуют в резонансном деле «Рабов из Гольяново», когда семью трудовых мигрантов насильно удерживали на рабочем месте в течение почти 10 лет.
В ноябре 2014 года Комитет «Гражданское содействие» при поддержке Института «Открытое общество» начал активный мониторинг положения украинских беженцев в России. Проект работал на базе Сети «Миграция и Право». Сотрудники консультировали украинских беженцев и предоставляли им юридическую поддержку в судах, а также оказывали материальную помощь.
C 2003 по 2008 год Комитет «Гражданское содействие» совместно с «Каритас Франс» осуществлял гуманитарные программы для малоимущих больных из Чечни: помогал в организации лечения, предоставлял медикаменты, оплачивал обследования, проезд к месту лечения и обратно. За пять лет такую помощь получили в общей сложности 8 900 человек.
В сентябре 2009 года стартовал проект «Права человека на Северном Кавказе». Его целью являлось увеличение уровня знаний о правах человека и принципах устройства гражданского общества среди молодежи и учителей Северного Кавказа.
С сентября 2011 года по август 2014 года Комитет реализовывал проект по защите фундаментальных прав жителей Чеченской Республики и Республики Ингушетия, находящихся под следствием либо отбывающих наказание в учреждениях пенитенциарной системы России.
19 января 2015 года организации «Мемориал» и Комитет «Гражданское содействие» опубликовали доклад о положении чеченцев в России, который был представлен миграционной службе Германии. Правозащитники собрали истории чеченцев, которые преследуются как в Чеченской республике, так и на остальной территории России.
1 декабря 2011 года Комитет «Гражданское содействие» совместно с информационно-аналитическим центром «СОВА» начали проект помощи людям, пострадавшим от нападений на почве национальной, расовой, религиозной и иной ненависти в Москве и Московской области.
Сотрудники и волонтеры проекта проводят информационную работу с теми, кто чаще всего становится жертвами нападений на почве ненависти: выходцами из Центральной и Средней Азии, беженцами из Афганистана, иностранными студентами из Африки и другими.
20 июня 2015 года Комитет представил новый спецпроект — интерактивную онлайн-карту нападений на почве ненависти . Презентация прошла в рамках тематического семинара Московской открытой школы прав человека, приуроченного ко Дню беженца.
Мигранты и беженцы чаще всего становятся жертвами агрессии из-за национальности, цвета кожи или религии, но нередко такому насилию подвергаются и другие уязвимые социальные группы. Комитет помогает пострадавшим: собирает пожертвования на лечение, предоставляет помощь адвокатов, выдаёт гуманитарную помощь.
За 2014 год принято 2 784 человека из 50 стран мира, проведено 2 558 консультаций. Оказано содействие в защите прав в 654 случаях. Выдано 309 денежных пособий на общую сумму 4 829 513 рублей. Подержанную одежду получила 1 031 семья.
Выдано 2 237 пар обуви, 683 комплекта постельных принадлежностей. Новую одежду в количестве 1 949 штук получили 157 семей. Проведены 738 медицинских консультаций, медикаменты выданы 541 раз, 25 человек направлены на обследование.
27 театров Москвы и другие культурные площадки предоставили Комитету бесплатные и дешёвые билеты для беженцев. Детям выдано 300 подарков и 120 билетов на новогодние представления. Бесплатно обучились русскому языку 20 взрослых человек.
Беженцам в регионах была оказана материальная помощь 68 раз на сумму 686 000 рублей. Для этой цели использовались, в частности, средства, собранные в онлайн-кампании пожертвований, запущенной на сайте «Гражданского содействия» .
Комитет помогает трудовым мигрантам в привлечении адвокатов по уголовным делам, когда мигранты становятся жертвами сфальсифицированных обвинений, пыток или принудительного труда. В 2014 году в производстве организации находилось 12 дел. В Комитет обратились 29 человек, переживших нападения на почве ненависти. Девяти пострадавшим мы оказали материальную помощь на оплату лечения и лекарств.
30 января 2015 года прокуратура Москвы начала проверку Комитета «Гражданское содействие». Российские правозащитные организации бойкотируют закон об НКО, который требует от организаций, получающих западные гранты, зарегистрироваться в реестре «иностранных агентов». 20 марта 2015 года прокуратура потребовала от Комитета «Гражданское содействие» зарегистрироваться в реестре «иностранных агентов» и предъявила претензии к уставу этой правозащитной организации. 20 апреля 2015 года организацию «Гражданское содействие» включили в список «иностранных агентов». Минюст заявил, что некоммерческая организация получает финансирование из-за рубежа.
22 июля 2015 года во время очередного судебного заседания представители прокуратуры объяснили присутствовавшим в зале, что послужило причиной внесения организации в реестр:
1. Проект «Защита прав жителей Чеченской республики и республики Ингушетия, отбывающих наказание в учреждениях пенитенциарной системы», в рамках которого проведены два круглых стола.
2. Проект «Противодействие коррупции в миграционном нормотворчестве».
3. Назначение Светланы Ганнушкиной членом Правительственной комиссии по миграционной политике.
4. Пикет против антимигрантской кампании.
5. Пикет в защиту политзаключенных Азербайджана.
15 июня 2015 года в Твери прошли слушания по иску Нурбека Курбанова, отца двоих детей, которых отчислили из школы по истечении срока регистрации и разрешения на временное проживание. Суд вынес решение в пользу семьи Курбановых: дети должны учиться в школе вне зависимости от миграционного положения. А школа обязана заниматься обучением детей, а не проверкой регистрации.
27 августа 2015 года вынесено решение Верховного суда, который не удовлетворил жалобу на приказ Минобрнауки №32, регламентирующий прием в школу: «Отсутствие регистрации ребенка по месту жительства или пребывания, а также документов, подтверждающих право родителя на пребывание в РФ, предъявление которых носит дополнительный характер по отношению к личному заявлению родителя ребёнка, <…> не может являться основанием для отказа в приёме ребёнка в образовательную организацию при наличии в ней свободных мест».
Комитет «Гражданское содействие» планирует и дальше в судебном порядке заниматься случаями незаконного отчисления детей из образовательных учреждений.