Организация была создана как подразделение Сыктывкарской общественной организации «Мемориал», основанной в 1989 году при активном участии известного математика и диссидента Револьта Ивановича Пименова. В 1996 году на собрании правления Сыктывкарского «Мемориала» было принято решение: помимо историко-исследовательской деятельности в области репрессий, заняться правозащитной помощью населению. Также было принято решение об исследовании ситуации с нарушением прав человека в Республике. Этим и занялась Коми правозащитная комиссия «Мемориал».
В первый же год работы волонтеры организации смогли оказать юридическую и консультативную помощь более 50 человекам. За 19 лет работы приемной консультативную и правовую помощь от волонтеров и юристов организации получили более 6000 человек.
В 1999 году КПК «Мемориал» осуществляла наблюдение за соблюдением прав избирателей на выборах в Государственную Думу РФ.
В 2001 году началось исследование проявлений национализма и ксенофобии в Республике Коми.
В 2002 году члены организации инспектируют места лишения свободы.
В апреле 2003 года Комиссия провела мониторинг состояния психиатрических учреждений в регионе.
В январе 2004 года создан Общественный совет при начальнике УИН МЮ РФ по Республике Коми, куда вошли члены Комиссии, и началась работа по созданию системы постоянного визитирования учреждений УФСИН в республике.
КПК «Мемориал» выступила инициатором создания интернет-журнала «7×7», который объединил в своих рядах активистов, правозащитников, юристов, членов общественных организаций, ставших участниками-блогерами городов Республики Коми, для создания информационного поля и выработки у граждан активной гражданской позиции.
С 2011 по 2012 годы организации удалось достичь значительных успехов:
По инициативе Комиссии введена талонная система регистрации жалоб заключенных.
Закрыты самые одиозные колонии в Республике Коми ИК-35 и ЛПБУ-48, где правозащитниками было выявлено множество нарушений.
В учреждениях ГУФСИН Коми введены видеорегистраторы. Теперь, работники, непосредственно контактирующие с заключенными, обязаны носить фиксирующие устройства.
Под судебным давлением юристов КПК «Мемориал» был произведен полный ремонт спецприемника УМВД по Республике Коми, а также решением Верховного суда Республики Коми были изменены условия перевозки заключенных в вагонзаках по всей России (запрещено использование больших камер для перевозки в них более 12 человек).
19 января 2012 года руководитель УФСБ по Республике Коми Александр Калашников причислил правозащитные организации «Голос» и «Мемориал» к «экстремистским» на основании того, что их деятельность «инспирируется из-за рубежа и направлена на изменение политического строя в России».
18 мая 2013 года представители национал-патриотического движения «Рубеж севера» попытались сорвать открытое общее собрание «Мемориала» в Сыктывкаре.
6 июня 2013 года активисты той же организации пометили квартиры местных правозащитников наклейками «Здесь живет иностранный агент».
12 февраля 2014 года неизвестные совершили поджог входной двери квартиры правозащитника, председателя КПК «Мемориал» Игоря Сажина.
В 2015 году организацию признали иностранным агентом из-за фотографии надписи «Путин — вор».
21 июля 2015 года Коми региональная общественная организация «Комиссия по защите прав человека “Мемориал”» была включена в реестр некоммерческих организаций, выполняющих функции иностранного агента.
Правозащитники решили, что лучше закрыть организацию, чем носить клеймо «иностранных агентов». Они вынужденно пошли на этот шаг после того, как не сумели в судебном порядке оспорить включение НКО в реестр «иностранных агентов».