Игорь Каляпин основал организацию в 2000 году в Нижнем Новгороде. КПП борется с применением пыток сотрудниками правоохранительных органов, тюрем, колоний, оказывает юридическую и медицинскую помощь жертвам истязаний.
Сотрудники Комитета проверили 1 864 заявления о нарушении прав человека, отменили 700 незаконных решений Следственного комитета, прокуратуры и суда, установили 126 фактов применения пыток, добились выплаты 4 500 000 рублей компенсаций пострадавшим от незаконных действий силовых структур. За 15 лет работы осуждено 109 сотрудников полиции, по 225-ти делам ведется расследование.
После убийства Натальи Эстемировой, Заремы Сайдулаевой и Алика Джабраилова, занимавшихся расследованием нарушений прав человека в Чечне, работать в этом регионе стало еще опаснее, и правозащитные организации были вынуждены прекратить работу. Тогда глава Комитета против пыток Игорь Каляпин предложил вахтовый метод работы: юристы-правозащитники из других регионов выезжают в Чечню на короткое время документировать жалобы граждан на пытки, похищения и внесудебные казни. В ноябре 2009 года в Чечне приступила к работе созданная Сводная мобильная группа (СМГ) российских правозащитных организаций.
В настоящее время СМГ стала одним из основных источников информации о нарушениях прав человека на территории Чечни. СМГ выявила систематические нарушения прав человека в Чечне, а также указала на нежелание властей заниматься данной проблемой. Несмотря на безнаказанность представителей государства, нередки и успехи. Например, в 2010 году группе удалось освободить похищенного силовыми органами Ислама Умарпашаева, которого несколько месяцев удерживали и пытали в здании чеченского ОМОНа.
В 2013 году за работу в Чечне Игорь Каляпин и Сводная мобильная группа получили главную правозащитную премию — премию Мартина Энналса. Эта премия присуждается активистам, ведущим правозащитную деятельность, невзирая на риск и опасность.
Сотрудники СМГ испытывают постоянное давление властей Чечни. 3 июня 2015 года неизвестные с ломами и молотками в присутствии сотрудников полиции ворвались в офис правозащитников и разгромили его, а также разбили машину. Правозащитники успели покинуть офис через окно. Но уже в конце июня мобильная группа возобновила прием граждан в квартире Натальи Эстемировой, которую предоставили её родственники.
Юристы Комитета против пыток представляют интересы российских граждан в Европейском Суде по правам человека (ЕСПЧ). Специалисты КПП по европейскому праву подготовили и направили в ЕСПЧ восемьдесят четыре жалобы.
В январе 2006 года в рамках резонансного дела «Михеев против Российской Федерации» в решении суда признано нарушение российским государством Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод. В качестве компенсации в пользу бывшего сотрудника ГАИ Алексея Михеева взыскано 250 тысяч евро. На сегодня это крупнейшая из компенсаций, взысканных ЕСПЧ с России.
24 июля 2014 года Европейский суд по правам человека удовлетворил иск охранника нижегородского кафе Сергея Ляпина на сумму 45 000 евро в качестве компенсации за пытки в милиции. Шесть лет и три месяца он добивался компенсации за инцидент в местном отделении правоохранительных органов: собирая металлолом, мужчина привлёк внимание сотрудников милиции, был доставлен в отделение, где его подвергали пыткам и заставляли сознаться в несовершенных преступлениях. Юристы КПП помогли гражданину частично добиться справедливости.
16 декабря 2015 года начал действовать закон, устанавливающий приоритет российского права перед международным. Теперь Россия сможет игнорировать решения ЕСПЧ.
13 ноября 2014 года в офисе Комитета против пыток началась масштабная внеплановая проверка трех надзорных ведомств: прокуратуры, Министерства юстиции и налоговой инспекции. Инициатором ревизии стал активист нижегородского отделения Национального освободительного движения (НОД), сообщивший государственным органам о подозрениях в нарушениях федерального законодательства.
16 января 2015 года Минюст России включил нижегородский Комитет против пыток в список некоммерческих организаций, признанных «иностранными агентами». Под политической деятельностью усматривалось представление доклада о пытках в Комитет против пыток ООН.
С 6 августа 2015 года организация была трижды признана виновной в совершении административных правонарушений. На КПП наложены три штрафа в размере трехсот тысяч рублей за отсутствие на распространяемых информационных материалах указания, что организация выполняет функции «иностранного агента».
28 июля 2015 года председатель КПП Игорь Каляпин заявил о самоликвидации организации и создании новой структуры под названием «Комитет по предотвращению пыток».
На пресс-конференции он заявил: «Мы будем продолжать нашу деятельность с утроенной активностью и не потому, что озлобились. Просто остается очень много людей, которые нуждаются в нашей помощи».
48% жителей России опасаются стать жертвами пыток в том случае, если они окажутся в заключении. Таковы результаты опроса, проведенного компанией GlobeScan по заказу правозащитной организации Amnesty International.
Данные исследования проведенного Социологическим институтом РАН совместно с Комитетом против пыток говорят о том, что пыткам подвергался каждый пятый россиянин. На заданный гражданам вопрос «Можете ли вы припомнить за жизнь случаи применения сотрудниками милиции в отношении вас насилия, которое вы определили бы как незаконное?» 21,3% респондентов дали положительный ответ.
10 декабря 2015 года на пресс-конференции в Москве председатель Комитета по предотвращению пыток Игорь Каляпин заявил, что чиновники рассматривают борьбу за права граждан как враждебное проявление в сторону государства и в ответ воюют с правозащитниками.
15 января 2016 года Комитет по предотвращению пыток признан «иностранным агентом».