Инициатива создания Союза принадлежит женщинам, работницам Новочеркасского завода синтетических продуктов, которые объединились на волне перестройки и назвали себя Комитетом женщин завода. Они открыли прачечную, парикмахерскую, кафе и небольшой магазин в городе. На заработанные средства они помогали малоимущим, многодетным семьям и детям-сиротам.
В 1993 году прошел первый форум женщин Дона, собравший сотню участников из городов области. По итогам форума была созвана учредительная конференция, на которой и появился Союз «Женщины Дона». В состав Союза вошли пять общественных организаций.
Первой правозащитной акцией, в которой участвовал Союз, стал сбор подписей против начала военных действий в Чеченской Республике в октябре-ноябре 1994 года.
В июне 1995 года начала работу общественная приемная Союза. Приемная продолжает работать по сей день. В это же время была создана инициативная группа «Комитет по защите прав человека», а также прошел семинар «Общественная защита в суде», и состоялась конференция женских организаций юга России «Женщины за мир на Северном Кавказе».
В 1995 году Союз помогал студентам-выпускникам. Несмотря на заключенные с ними контракты, выпускников, по указу Президента РФ, призывали в ряды вооруженных сил рядовыми (а не офицерами, как полагается после обучения на военной кафедре). В результате президент подписал указ № 18 от 09.01.1996, восстановивший законность в отношении воинского призыва.
В 1995 году Союз «Женщины Дона» начал миротворческую деятельность. Тогда на территории Чеченской Республики проходили боевые действия, и резко возрос поток жалоб от солдат и матерей с сыновьями призывного возраста на нарушения прав солдат срочной службы. Оказалось, что многие родители не знали, где находились их сыновья, месяцами не получали от них известий. Для розыска пропавших без вести в августе 1995 года в Союзе заработала «горячая» информационная линия.
В декабре 1996 года состоялся выезд первой рабочей группы Союза «Женщины Дона» в Чеченскую Республику. Во время поездки в Грозный группа провела конференцию «Женщины за жизнь без войн и насилия!», разработала и реализовала ряд совместных программ по ликвидации последствий вооруженного конфликта. За время пребывания в Чечне члены рабочей группы провели встречи с представителями женского движения республики, с мирными жителями, родителями, разыскивающими своих сыновей, командным составом Объединенной комендатуры города Грозного, рядовым составом Российской Армии. Результатом поездки стала передача Секретарю Совета Безопасности Ивану Рыбкину пакета конкретных предложений.
В марте 1997 года рабочая группа Союза съездила в Чеченскую Республику второй раз. Главной целью этой поездки были переговоры по вопросу поиска погибших и пропавших без вести. Группа участвовала в процедуре обмена пленных российских солдат на чеченцев из отряда «Хамзат».
С 1998 года Союз «Женщины Дона» начал реализацию проекта «Дагестан — центр миротворчества». Проектная группа проанализировала хронику распространения ваххабизма в регионе и его последствия. Так в организации впервые появилось исследовательское направление.
В 1998 году организация начала проект «Очищение воина». В рамках проекта проводилась реабилитация участников вооруженных конфликтов. В результате была создана сеть волонтеров-психологов, которые проводили психологические консультации.
С 2000 года Союз «Женщины Дона» реализовал ряд проектов, нацеленных на развитие местного самоуправления через вовлечение простых горожан в принятие решений. Среди этих проектов были такие, как «Прозрачный бюджет» (2000-2002 гг.), «Преодоление административных барьеров в социальной сфере как инструмент борьбы с бедностью» (2004 г.), «Мы и наш город» (2004-2005 гг.), «Здравствуйте, я ваш участковый» (2008-2009 гг.).
В конце 2002 года Союз «Женщины Дона» запустил проект «Построение мира после конфликта». Координаторы, проживающие непосредственно в зоне конфликта, помогли в привлечении новых сторонников миротворческого процесса. Заключительной акцией проекта стала конференция «Гражданские инициативы в процессе достижения мира после конфликта в Чеченской Республике». В ней участвовали более 40 молодежных и общественных объединений. Конференция состоялась 16 сентября 2003 года в Ростове-на-Дону.
В 2004 году Союз оказывал психологическую помощь в Беслане. Вновь создана сеть волонтеров-психологов, а программа построена с учетом ментальных особенностей народов Северного Кавказа, с опорой на традиции кавказского гостеприимства.
Логическим продолжением миротворческой деятельности Союза стали проекты «От реабилитации к миротворчеству» (2005-2006 гг.), «Вместе планируем перемены» (2007-2008 гг.) и «Шире круг, общественная дипломатия в действии» (2009-2010 гг.).
В 2005 году Валентину Череватенко номинировали на Нобелевскую премию мира в составе 1000 женщин-номинантов. В 2009 году она стала инициатором создания «Альянса женщин-миротворцев России и Грузии».
В 2010 году Валентина Череватенко как эксперт от неправительственного женского движения приняла участие в сессии Организации Объединенных Наций, на которой Правительство Российской Федерации представило очередные Периодические доклады о положении женщин.
В декабре 2012 года Союз «Женщины Дона» начал реализацию нового проекта «Дельта-2, или Будущему нужны воспоминания, воспоминаниям нужно будущее». В рамках проекта использовался метод форум-театра.
С 2014 года Союз начал работать с конфликтом на Украине. Были проведены социологические опросы жителей России и Украины, проживающих близ границы. Эти опросы показали, что по обе стороны границы есть люди, готовые к диалогу. Вместе с тем «Женщины Дона» помогали беженцам с востока Украины: распределяли гуманитарную помощь и проводили юридические консультации.
В 2014 году организация включена в реестр «иностранных агентов». Причиной включения была названа деятельность организации за рубежом (в частности, в Грузии). Координационный совет Союза отказался признавать статус. Тогда для работы за границей был создан Фонд «Женщины Дона».
В 2015 году Фонд «Женщины Дона» вслед за Союзом внесен в реестр иностранных агентов.
В 2016 году Валентина Череватенко и Владимир Катасонов в составе общественной наблюдательной комиссии посетили колонию, где содержали Надежду Савченко. После этого Валентина Череватенко неоднократно навещала известную заключенную и, вероятно, повлияла на ее решение отказаться от голодовки и начать переговоры. Вскоре после этого на Валентину Череватенко было заведено уголовное дело по статье 330.1 УК РФ «Злостное уклонение от исполнения обязанностей, определенных законодательством Российской Федерации о некоммерческих организациях, выполняющих функции иностранного агента».
В июне 2016 года в офисе Союза «Женщины Дона» прошел обыск, было изъято все оборудование.
7 октября 2016 года Валентине Череватенко вручена премия Анны Политковской, учрежденная международной неправительственной организацией RAW in War (Reach All Women in War – «Помочь каждой женщине в огне войны»).